À Madagascar, l’Union européenne appuie le renforcement du système de santé afin d’améliorer l’accès de tous, en particulier des populations les plus vulnérables, à des soins de qualité. Elle soutient les services de santé primaire à travers l’appui aux centres de santé de base, la formation du personnel soignant et le renforcement des chaînes d’approvisionnement en médicaments essentiels et en vaccins. L’UE finance également des programmes de lutte contre la malnutrition, les maladies transmissibles et la mortalité maternelle et infantile, tout en promouvant la santé sexuelle et reproductive. 
Ses actions visent aussi à améliorer la gouvernance du secteur, la gestion des données sanitaires et la capacité de réponse aux crises, notamment épidémiques, en partenariat étroit avec l’État malgache, les collectivités, la société civile et les autres partenaires techniques et financiers.